Váš hrdina v Ninja Assassin je vrah Ninja a bude dělat svou práci s vaší pomocí. Spočívá v zničení těch, kteří se v současné době stali jeho nepřáteli. Úkolem je ve skutečnosti vyčistit sklady. Očekává se, že na nich se odráží velký útok. Stráže chodí po místnostech s krabicemi a osvětlují se lucerny. Pokud je ninja v zóně osvětlená lucernou, uvidí ho strážce a zaútočí na něj. Měli byste být vybráni z temné strany a okamžitě zaútočit. Celý proces mlčí, takže ostatní strážci nejsou opatrní vůči vrazi Ninja.
