Mafie v Japonsku se nazývá Yakuza a je velmi závažnou zločineckou organizací, která funguje mimo zákon podle svých vlastních pravidel. Pokud něco potřebuje, vezme si to, bez ohledu na životy a potřeby těch, kteří jim stojí v cestě. Samurai vs Yakuza vám představí samuraje, který chce zachránit svou vesnici. Bandité si ji oblíbili kvůli starobylému chrámu, který se nachází na jejím území. V tomto chrámu je několik cenných figurek, které chtěl mít šéf Yakuzy. Náš hrdina se postavil do cesty celé mafiánské armádě a s vaší pomocí odrazí útok lupičů v černých róbách ve hře Samurai vs Yakuza.