K apokalypse může dojít z různých důvodů, ve hře Apocalypse Run pomůžete hrdinovi, který byl v centru apokalypsy, která se objevila v důsledku povstání strojů. Umělá inteligence, jejíž podoba byla tak očekávaná a tak obdivovaná pro její rychlý vývoj, se rozhodla, že nyní nepotřebuje lidi. Navíc jsou dokonce škodlivé, protože dělají všechno špatně, často se chovají iracionálně, ničí životní prostředí a zabíjejí své druhy. V mysli stroje se vytvořilo silné přesvědčení, že člověk je hlavním zlem na planetě a musí být zničen. Tak začalo systematické ničení lidstva a hrdina Apocalypse Run se tomu chce vyhnout a vy mu pomůžete bojovat s roboty.
