Ve hře Atom War se vydáte do světa, kde žijí ty nejmenší částice, kterým říkáme atomy. V tomto světě začala válka a vy se jí zúčastníte. Na obrazovce před sebou uvidíte svůj červený atom. Bude mít určitou velikost a kolem něj bude vidět malé silové pole. Kolem vašeho atomu se začnou objevovat další částice s modrou barvou. Budete je muset pečlivě prozkoumat a najít ty, které jsou velikostí menší než vaše postava. To znamená, že tyto částice jsou slabší než váš atom. Budete je muset pronásledovat a poté zaútočit. Zničením modrého atomu získáte body a vaše postava se zvětší a posílí.
