Ve válce se nepřítel snaží především zničit vojenská zařízení: letiště, vojenské jednotky, muniční sklady. Ve hře Atomic Fighter 2D převezmete kontrolu nad stíhačkou, abyste chránili oblohu nad vojenskou základnou. Už se k ní blíží eskadra nepřátelských útočných letadel a bombardérů. Vaším úkolem je držet obranu a aktivně útočit na nepřítele po celé frontě. Pohybujte stíhačkou doleva nebo doprava, vzdalujte se od ostřelování směrem k létajícím nepřátelským letadlům a útočte a střílejte, ničte letadla jedno po druhém. Sbírejte za běhu různé bonusy, které vám pomohou vyrovnat se s velkým množstvím postupujících nepřátel v Atomic Fighter 2D.
