Mladý chlapec Kjóto se připojil k tajnému řádu ninja válečníků. Byl poslán do hor do zvláštního chrámu, kde sídlí Akademie, kde jsou trénovány všechny začínající války. Dnes má náš hrdina trénink a vy mu pomůžete vést ho ve hře Ninja Academy. Před vámi na obrazovce uvidíte svou postavu, která stojí na nádvoří chrámu. Pod ním bude umístěn speciální panel s ovládacími klávesami. S její pomocí budete řídit akce svého hrdiny. Objekty se před ním objeví z různých stran. Vedoucí hrdina jim budete muset zasadit přesné údery pomocí rukou nebo nohou. Každý váš přesný zásah vám přinese určitý počet bodů. Po nacvičení úderů přejdete k vypracování různých technik.
