Daleko ve vesmíru, na oběžné dráze jedné z planet, byla kosmická loď, na které byla laboratoř, ve které byly experimenty prováděny na různých zvířatech. Oni byli injekcí s cizí DNA a sledovali, jak se změnily. Stejně jako u základny spojení zmizelo a vojáci byli posláni z hvězdy Assault. Budeme jedním z nich v hře Attack on the Mothership. Naše postava je vyzbrojena standardním střelivem. Jeho úkolem je proniknout do lodi a zjistit, co se tam stalo. Jak se ukázalo, celá posádka se změnila na příšery a teď je musíte s nimi bojovat. Pomocí zbraní musíte rychle a účinně zničit všechny příšery, se kterými se setkáte na palubě lodi.