Statečný ninja si udělal mnoho nepřátel díky své bezúhonnosti a nekompromisnímu přístupu ke všemu, co škodí nevinným lidem. Ve hře Ninjas Return se s hrdinou setkáte v jednom z nejtemnějších dnů jeho života. Vrátil se domů, ale místo radostného setkání s rodinou byl svědkem toho, jak jeho nepřítel, Černý ninja, unesl jeho ženu a odvedl ho neznámým směrem. Hrdina se okamžitě vydá pronásledovat, ale nepřítel je připraven, pokusí se hrdinu zastavit pomocí svých přisluhovačů a lesních příšer v Ninjas Return.
