Vaším úkolem v Base Defense 3D je zajistit bezpečnost základny, kolem které se začnou hromadit hordy zombie. Pokud nic neuděláte, hordy nemrtvých prorazí brány, povalí hradby a zničí všechny, kteří se ukrývají v základně. Je nutné přidat co nejvíce střeleckých věží a umístit je po celém obvodu. Budou střílet v automatickém režimu. Hrdina bude muset pravidelně skákat mimo základnu, aby posbíral ukořistěné svazky bankovek a utratil je za posílení základny v Base Defense 3D.
