Miniaturní pixelový hrdina vezme Micro Metroid na cestu světem mikroplatformy ve stylu Metrovania. Pomozte mu projít nebezpečnými oblastmi na plošinách a bude jich jen přibývat. Dejte si pozor na ozubená kola a vybírejte místa, kde můžete vyskočit na plošinu a jít dál. Po cestě budou vlajky – to jsou kontrolní body, které vám poskytnou místo, kam se hrdina vrátí, pokud se dostane na hroty nebo spadne z plošiny v Micro Metroid.