Migrace ptáků je každoroční stěhování ptáků do teplejších oblastí. Jakmile přijde podzim, mnoho druhů ptáků míří na jih, aby přečkaly chladnou zimu. Kachny jsou jedním z nich a ve hře pomůžete jedné kachně překonat náročný let. Nejprve si ale musíte vybrat postavu z hrdinů prezentovaných ve hře: Pam, Mac, strýček Dan, Gwen a Dax. Kdokoli z nich se podřídí vaší kontrole. Zápletka Migration Flappy Duck spočívá v tom, že váš pták zapadl za hejno. Když všichni její příbuzní odletěli, křídlo se jí poškodilo, ale nyní se zahojilo a můžete se pokusit hejno dohnat a letět společně. Nejprve ale budete muset v Migration Flappy Duck překonat spoustu překážek a energicky mávat křídly bez přestávky.
