Po sérii neúspěchů na Skibidi Land se záchody rozhodly použít novou taktiku ve hře Skibidi Strike. V důsledku toho se rozhodli vstoupit do zločinného spiknutí s teroristy a spojit se s nimi pod společnými prapory. Zločinci se s nimi setkali na půli cesty, aniž by tušili, že se sami stanou stejnými záchodovými monstry. Přesto se Skibidi nachází na jedné ze základen uprostřed pouště a vy, jako součást skupiny speciálních jednotek, se tam vydáte je zlikvidovat. Nejprve musíte vybrat munici a zbraně pro svého hrdinu. Poté půjdete zaútočit na základnu. Po území se musíte pohybovat tajně, k tomu můžete použít různé budovy, krabice a další předměty. Jakmile se ve vašem zorném poli objeví monstra, zamiřte a spusťte na ně palbu. Za každého zabitého nepřítele vám bude přidělen určitý počet bodů, které můžete využít k doplňování munice a vylepšování zbraní. Zločinci mohou také zahodit různé užitečné bonusy a lékárničky, které vám pomohou obnovit zdraví vašeho hrdiny. Jakmile vyčistíte kompletně definovanou lokaci, můžete přejít na další úroveň hry Skibidi Strike.