Do města vtrhla armáda záchodů Skibidi a nyní se nikdo z obyvatel nemůže cítit bezpečně. Jsou extrémně krutí a agresivní, ale takových nepřátel má lidstvo nemálo. Mnohem hroznější je fakt, že dokážou z lidí udělat svůj druh a neustále jejich počet zvyšovat. Aby tomu ve hře Skibidi Toilets: Infection zabránili, vedení města se rozhodlo nikoho z lidí nepustit do ulic, dokonce ani vojáky, protože jsou ohroženi. Místo nich byli pozváni Kameramani, kteří mají imunitu proti účinkům monster a bohaté zkušenosti v boji s nimi. Budete ovládat jednoho z těchto speciálních agentů. Vezměte zbraně a začněte pročesávat ulice města. Situaci kolem bedlivě sledujte, protože toalety Skibidi se mohou objevit z jakéhokoli směru a musíte být připraveni. Jakmile najdete nepřítele, chyťte ho do dalekohledu a začněte střílet. Za každé zničené monstrum získáte body a můžete je použít k doplňování munice a vylepšování zbraní. Každá úroveň bude mít určitý počet Skibidi toalet. Musíte je všechny odstranit, abyste postoupili do další fáze ve Skibidi Toilets: Infection.
