Ninja chlapec chce svému učiteli dokázat, že je připraven na vážné výzvy a může mu být svěřeny zodpovědné úkoly. Ve hře Ninja Boy Flying se tajně vydal do nebezpečné oblasti obývané lupiči a všemožnými kriminálními živly. Hrdina ho hodlá běžet rychlostí a tam, kde je potřeba překonávat široké překážky, využije klouzavý let. Nepřátelé se k vám rozběhnou a můžete je buď přeskočit, nebo je zlikvidovat obratným hodem shurikenu – ocelové hvězdy s ostrými hranami. V Ninja Boy Flying musíte rychle reagovat na překážky a ještě rychleji se rozhodnout, jak je překonat.