Zdálo by se, že pro Batmana se měli netopýři stát přáteli, nebo alespoň pomocníky, ale v Batman cool tomu tak nebude. Myši, které na hrdinu zaútočí, byly vystaveny škodlivému záření, které napravilo jejich malé mozky a z přátel udělalo zapřisáhlé nepřátele. Super hrdina se pokusil opravit myši, ale neuspěl. Instaloval speciální krystal, který vyzařoval vlny, ale ty nefungovaly. A pokud ano, stejný krystal může zničit rozzlobené hlodavce. Vaším úkolem v Batman cool je nasměrovat střely na cíle a cestou ničit myši.