Jednoho rána se Mario probudil z toho, že mu něco bránilo ležet na zádech. Když našel nějaké výrůstky, byl docela vyděšený a okamžitě se ze strachu probral a běžel se podívat k zrcadlu. Co se za tím objevilo. Když hrdina uviděl malá křídla, byl zaskočen a ve Flappy Mariovi dokonce zpočátku rozrušený. Ale pak se po zamyšlení rozhodl, že schopnost létat mu poskytne spoustu výhod. Už se nemusí starat o dopravu, cestu vzduchem zdolá mnohem rychleji než na motorce nebo autě. Zbývá jen naučit se létat a vy mu s tím pomůžete vstupem do hry Flappy Mario.
