Bojovník Contra ze speciální elitní jednotky se stane hrdinou hry Metal Wings. Hrdina bude muset čelit neuvěřitelným protivníkům - to jsou monstra různých velikostí. Jsou silní, obratní, mají speciální schopnosti, ale pro každého se najde vhodná zbraň a ta nikoho neušetří. Zbraně lze vylepšit nebo změnit na takovou, která je v této konkrétní situaci nejvhodnější. Voják má určité zkušenosti, jinak by ho nikdo nevzal do elitní čety, ale nemusí stačit, takže vaše pomoc je tak nezbytná. Nepřítel je příliš silný, a protože nejde o pouhé smrtelníky, je těžké určit, kde jsou jeho slabá místa. Až ve třech bitvách se to v Metal Wings ukáže.