Statečný ninja z Kjóta se na pokyn hlavy svého řádu musí vydat do Temných zemí a najít tam prastaré artefakty. Vy ve hře Ninja vs Zombies se k němu připojíte v tomto dobrodružství. Váš hrdina bude muset projít mnoha lokacemi a překonat různá nebezpečí. Hordy zombie se potulují po místech, se kterými bude muset váš hrdina bojovat. Při vstupu do bitvy s nimi bude hrdina používat různé zbraně. Za ničení živých mrtvých budete získávat body a také můžete sbírat trofeje, které z nich vypadnou. Za body, které získáte, můžete v herním obchodě nakupovat různé zbraně a střelivo pro svou postavu.
