Ve vzdálené budoucnosti probíhá ve vesmíru válka mezi velkými korporacemi o zdroje, které se nacházejí na nově objevených planetách. Vy se ve hře Super Zaxxon jako stíhací pilot účastníte těchto bitev na straně jedné z korporací. Na své lodi budete muset dokončit řadu misí, abyste zničili nepřátelské objekty. Před vámi bude na obrazovce vidět základna, na kterou budete muset zaútočit. Budete střílet z pozemních děl, stejně jako ve vzduchu na vás útočí nepřátelské lodě. Vy obratně manévrující na lodi ji budete muset vytáhnout zpod úderu a v reakci zaútočit. Přesnou palbou ze svých děl budete sestřelovat nepřátelské lodě a ničit různé pozemní cíle.