Voda nebo jakákoli jiná kapalina podle zákonů gravitace poteče dolů, pokud sama pro sebe najde cestu ven, byť jen malou trhlinou. Ve Water Flow 3D ji musíte nechat volně proudit, abyste naplnili čtvercové nádoby níže. Počet nádob se bude lišit, ale musíte si uvědomit, že do nich lze nalít pouze kapalinu odpovídající barvy. Chcete-li to provést, otevřete klapky ve správném pořadí. Někdy musíte ve Water Flow 3D smíchat kapaliny a rozbít skleněné přepážky těžkými koulemi. Existuje mnoho úrovní a liší se v nastavení úkolů.
