Mario se dosud musel potýkat pouze se zlými houbami, šneky a dalšími přisluhovači svého věčného nepřítele Bowsera. To jsou ale jen květiny v porovnání s tím, co ho čeká v Super Mario Commander. Na World of Mario byl nečekaně proveden zákeřný útok z vesmíru. Hrozná a zlomyslná stvoření, po zuby ozbrojená, způsobila v kdysi mírumilovném království zmatek. Mario bude muset vzít vážnou zbraň a hrát roli superhrdiny. A aby se mu to podařilo, pomozte instalatérovi zvládnout novou roli pro sebe. V Super Mario Commander je nutné vyčistit platformy od vesmírných pirátů a vrátit svět zpět na Zemi.
