Slavný žoldák, přezdívaný Storm, byl najat americkou vládou k provedení tajné mise. Náš hrdina bude muset prorazit řeku na nepřátelskou vojenskou základnu a zničit tam několik vysoce postavených velitelů. Vy ve hře Commando Boat pomůžete hrdinovi splnit tento úkol. Před vámi na obrazovce uvidíte řeku, podél které se bude vaše postava vrhat na svou loď a postupně získávat rychlost. Na cestě jejího pohybu vzniknou různé druhy překážek. Pomocí ovládacích kláves donutíte člun provádět manévry na vodě a vyhnete se tak kolizím s těmito překážkami. Řeku hlídkují nepřátelské lodě a čluny. Když se k nim přiblížíte, budete muset zahájit palbu, abyste zabili. Pokud budete střílet přesně, zničíte nepřátelské lodě a získáte za to body. Pokuste se také sbírat zlaté mince a další předměty plovoucí ve vodě. Přinesou vám body a mohou vám udělit různé užitečné bonusy.