Mezi dvěma řády ninja vypukla válka. Vy ve hře Ninja Versus Ninja se této konfrontace zúčastníte. Na začátku hry si budete muset vybrat svoji postavu. Pod ním dostanete zbraně a střelivo. Poté bude váš hrdina v určité oblasti. Váš soupeř bude na opačném konci lokace. Na signál se budete muset pohnout jeho směrem. Jakmile se přiblížíte, duel začne. Můžete udeřit mečem nebo použít vrhací zbraně. Vaším úkolem je co nejrychleji zabít nepřítele a získat za něj body. Také na vás zaútočí. Budete se muset vyhýbat jeho úderům nebo je blokovat mečem.