Hrdina hry Dead Nest je obětí experimentu. Byl přiveden zpět k životu, aby byl poslán do světa obývaného mrtvými ptáky. Je to zvláštní svět, kde mrtví neleží v zemi, ale chovají se, jako by byli naživu, takže místo pro život není místo. Hrdina musí na ptácích vyzkoušet novou zbraň zvanou Zelený paprsek. Je jedinečný nejen tím, že může zničit vše živé a neživé, ale také svou schopností zotavit se díky doplnění energie duše. Níže uvidíte zelená světla, jich je šest, což znamená, že počet výstřelů, které má postava, je omezený. Chcete-li je nahradit, zabijte velké ptáky, aby si vzali energii.
