V daleké budoucnosti se vědci naučili zmenšovat objekty na mikroskopické velikosti. Dnes ve hře Spore Hunter se rozhodli vyslat pilota na speciální letadlo, aby prozkoumali mikrosvěta. Váš hrdina bude muset letět po určité trase a prozkoumat tento svět. Tvorové skládající se ze spór napadnou našeho hrdinu. Zadaná čísla budou v nich viditelná. Znamená to, kolik zásahů musíte udělat, aby ho stvoření zničilo. Když chytře manévrujete na své lodi, střílí na ni z vaší zbraně a ničí spory.
