Mariova dobrodružství pokračují v Super Mario Flash 2. jeho předchozí mise na záchranu princezny Peach byla úspěšná, ale hrdina nemusel dlouho usnout na vavřínech. Nebohá princezna byla znovu unesena a tentokrát to udělal drak. Umístil zajatce do věže a požaduje úplné podrobení od Houbového království. Mario si ještě nestihl odpočinout, ale znovu vyrazil na cestu. Tentokrát bude muset čelit více nepřátelům, budou útočit v houfech. Buďte rychlí a hbití, když skáčete svým nepřátelům na hlavy a ničíte je v Super Mario Flash 2.
