Život v Houbovém království opět naruší únos princezny Peach. Bowser se nedokáže uklidnit a nemůže přijít na nic nového kromě únosu princezny. Mario v Super Mario Flash se vydá na cestu za záchranou dívky, není to pro něj poprvé a vy máte důvod stát se znovu účastníkem zábavného dobrodružství. Veďte Maria přes plošiny, skákejte na zlé houby a želvy. Najděte velkou kouzelnou muchomůrku, která promění instalatéra v Super Maria. Na plošinách navíc můžete najít kouzelnou květinu, která hrdinu také posílí a dodá mu sílu v Super Mario Flash.
