Hrdina hry Counter-Strike: Reboot se bude muset s vaší pomocí zúčastnit dvanácti misí. Vzhledem k tomu, že obsah je přísně tajný, cíle budou odhaleny, až dokončíte předchozí misi. První se jmenuje Alpha a vaším úkolem je odrazit útok teroristů, kteří chtějí dobýt vaši základnu. Na dalších misích budete muset plnit další úkoly, jako například: osvobodit rukojmí, zničit teroristické základny, vyčistit miny a tak dále. Všechny mise jsou časově omezené, v Counter-Strike: Reboot musíte rychle a efektivně řešit problémy.
