Při vyšetřování dalšího případu našel hrdina hry Mystery Subway Escape 2, detektiv Michael, tajný vchod do opuštěných stanic metra. Málokdo o nich ví. Nemluvíme o technických tunelech, ale o stanicích, které byly kdysi v provozu, ale z toho či onoho důvodu se ukázaly jako uzavřené a nevyzvednuté. Zůstalo tam nějaké vybavení, věci a předměty, které nebyly vyhozeny, protože by se mohly ještě hodit. Právě tam bude náš hrdina hledat důkazy a pak cestu ven, protože dveře, kterými vstoupil, někdo zamkl v Mystery Subway Escape 2. Zřejmě ho sledovali a rozhodli se pečlivého detektiva zbavit.
