Ninjové se objevili ve středověkém Japonsku a sloužili jako špióni, průzkumníci a průzkumní sabotéři. Nosili tmavé oblečení, zakrývali si obličej a většinou operovali v noci, pohybovali se tiše a plnili zadané úkoly. Všichni ninjové ovládali umění ninjutsu. Ninjové jsou v podstatě typem bojovníka používaného ve speciálních operacích, jako jsou japonské speciální jednotky. Hrdina hry Ninja Speed Runner je také pověřen tajnou misí, takže se pohybuje rychle. Letí k němu Shurikeni, ze kterých musí uhnout a vy mu s tím pomůžete a donutíte hrdinu skočit nebo se schovat v Ninja Speed Runner.
