Barevní běžci, kterým budete ve hře Pixel Run pomáhat, se skládají z malých kulatých pixelů. Jsou křehké a mohou prasknout i při sebemenším střetu s překážkou. S ohledem na to musíte svého človíčka chránit, aby obratně manévroval a vyhýbal se všem překážkám. Pokud to není možné, zvolte menší překážku, aby hrdina přišel o minimum svého těla. Zároveň si nenechte ujít kuličky, které doplní ztracené pixely. I když hrdina dorazí do cíle na jedné noze nebo bez hlavy, úroveň se započítá. Prohrajete, pokud mužíček téměř zmizí, to by v Pixel Run nemělo být povoleno.