Na každé úrovni se před vámi objeví pár hrdinů zcela odlišných úrovní. Mohou to být docela obyčejní kluci nebo dívky, super hrdinové a tak dále. Na začátku Persona Runner uvidíte účastníka, ze kterého musíte vytvořit to, co se vám před během ukázalo. Hrdina musí nasbírat něco, co zvýší červenou nebo modrou barvu na stupnici. Nejprve se rozhodnete, která barva by měla převládat, a sbírejte pouze to, díky čemu roste. Pokud je jeho úroveň na cílové čáře více než polovina stupnice nad hrdinovou hlavou, dokončíte úroveň. A skromný běžec se v Persona Runner promění v brilantního hrdinu.
