Ninja věnuje každý den několik hodin tréninku, a to je nezbytné, aby v kritickém okamžiku neztratil tvar a neztratil tvář. Hrdina hry Jungle Runner je zručný a zkušený válečník, ale jeho výcvik ho již neuspokojuje, přijde mu příliš snadný, což znamená, že se nerozvíjí. Proto se hrdina rozhodl jít do džungle a udělat kolmý běh mezi stromy. Hrdina se bude řítit vzhůru úžasnou rychlostí a vaším úkolem je zajistit, aby se s ničím a nikým nesrazil. Ukáže se, že náš ninja není v džungli sám, navíc se ho pokusí zastavit zmutované včely v Jungle Runnerovi.