Sonic má příležitost vypořádat se se svým starým nepřítelem Knucklesem. Modrý ježek dostal nečekanou informaci o poloze svého protivníka a hodlá se tam vydat. Společně se svým přítelem a asistentem Tailsem se hrdinové vydají na ostrov letadlem. Po přistání se setkají s Knucklesem, ale ten rychle zmizí. Musíte pomoci Sonicovi a jeho příteli pronásledovat padoucha. Na ostrov umístil spoustu pastí, aby ho nikdo nemohl dohonit, ale Sonica nelze zastavit a vy budete přísně kontrolovat pohyb hrdiny a zabránit mu, aby narazil do ostrých hrotů. Sbírejte prsteny, které se hrdinovi ve hře Sonic 3 & Knuckles budou vždy hodit.