Království hub se Mariovi stalo příliš malé a vydal se prozkoumat jiné světy, které nevypadají tak přátelsky. Legendární instalatér ale není cizí, protože i ve svém domovském světě musí neustále bojovat s Bowserovými přisluhovači. V cizím světě ale bude hra Super Mario Stacks ještě obtížnější a ne proto, že by tam bylo mnoho nepřátel, naopak, nemusí tam být žádní. Pohybovat se po světě ale není jednoduché. Skládá se totiž ze čtvercových plošin vznášejících se samostatně ve vzduchu. Hrdina skokem na další si uzavře cestu zpět, protože předchozí destička zmizí. Navíc se musíte rychle pohybovat, protože další může zmizet i v Super Mario Stacks.
