Ninja se právě vrátil z túry a rozhodl se navštívit svůj rodný klášter, kde studoval a svého oblíbeného učitele, který mu dal obrovské množství znalostí a naučil ho ovládat své tělo i ducha. Našel mnichy ve sklíčenosti a velké frustraci. Den předtím zaútočili rudí samurajové na klášter a ukradli sbírku starověkých kamenů s runami. Jedná se o posvátné kameny, které byly v klášteře uchovávány po staletí. Náš hrdina přísahal, že vrátí vše ukradené a okamžitě se vydal na cestu. Pomozte hrdinovi v Ninja Run splnit jeho posvátnou misi. Ninja poběží a vy mu pomůžete včas skákat přes překážky a přes nepřátele a sbírat kameny.
