V Matrixu bylo vytvořeno několik prototypů a jeden z nich, číslo 09435, se ukázal jako nejúspěšnější. Toto je digitální chlapec, který se začal úžasně rychle vyvíjet a brzy chtěl prozkoumat vnější svět. Našel způsob, jak opustit matrix a vydal se na cestu k Prototype Guy. Tvůrci se rozhodli nezasahovat do chlapa, žádají vás, abyste mu pomohli přizpůsobit se a překonat překážky. Je potřeba přeskakovat ostré hroty a hranaté roboty. Mimochodem, roboty lze zničit skokem přímo na ně. Pokud se překážka nepodaří překonat, hrdina začne ve hře Prototype Guy znovu.
