Slavná kreslená postavička, zachránce lidstva, desetiletý Ben Tennyson má oproti ostatním pozemšťanům výhodu v tom, že může používat speciální hodinky mimozemského původu, které z něj dokážou udělat různé zástupce jiných planet. Ve hře Ben 10 Run ale nebudou žádné proměny, hrdina se bude spoléhat na vlastní sílu a výdrž. Bude muset běžet přes otevřenou pouštní oblast a skákat přes různé překážky. Důvodem jeho útěku je zmizení jeho sestřenice Gwen. Vše musíte udělat rychle, aniž byste ztráceli čas, takže musíte pomáhat hrdinovi skákat přes překážky a sbírat krystaly v Ben 10 Run.