Mario není z Halloweenu nadšený, protože obvykle v tuto dobu jsou v prostoru Houbového království aktivováni všichni zlí duchové a Bowser vypouští všechny své přisluhovače, aby udělali nepořádek. Ve verzi Super Mario Flash Halloween pomůžete Mariovi najít všechny padouchy a dokončit je skokem shora. Všichni hrdinovi přátelé a dokonce i Luigiho bratr se schovávají doma a nevystrkují nos, jen odvážný instalatér se nikoho nebojí. A má to svůj důvod – jste to vy, agilní hráč, kdo bude hrdinu ovládat a nedovolí mu udělat chybu v Super Mario Flash Halloween Version.
