Chlap jménem Tom zdědil malou továrnu, která byla v úpadku. Náš hrdina se rozhodl, že ho začne vyvíjet. Ve hře Mega Factory mu s tím pomůžete. Na obrazovce před vámi bude vidět vaše postava, která se bude nacházet v jednom z prostor továrny. První věc, kterou budete muset udělat, je projít si ji a vše si pečlivě prohlédnout. Budete muset sbírat zlaté mince, které jsou rozptýleny na podlaze místnosti. Poté uvedete tovární zařízení do provozu. Začne vyrábět produkty, které budete muset zabalit. Produkt pak naložíte na kamion, který jej doveze zákazníkům. Za to dostanete peníze. Můžete je utratit za nákup nového vybavení továrny, surovin pro práci a najímání zaměstnanců. Postupně tedy ve hře Mega Factory budete organizovat práci továrny.
