Ninja se rozhodl natáhnout nohy a běhat po městě a sbírat mince. Ve hře Ninja Runner se setkáte s hrdinou a pomůžete mu zařídit městský parkour. Pro hrdinu neexistují žádné nepřekonatelné výšky, můžete na chlápka několikrát kliknout a on skočí na jakýkoli vrchol: plošinu, věž a další vrchol. Po proběhnutí úrovně můžete přejít na další, ale buďte opatrní, na nových úrovních budou další překážky v podobě ostrých hrotů, na které nemusíte skákat, abyste neztratili životní srdce. Existuje stále více ostrých překážek, což znamená, že budete muset být velmi rychlí a hbití, abyste zachránili ninju před ztrátou životů v Ninja Runner.
