Běžecké hry jsou velmi oblíbené a kdo zrovna neběhal po virtuálních silnicích, kolejích a tratích metra. Hra Nano Ninjas vás zve, abyste běželi spolu s hravým malým ninjou. Rozhodl se začít hledat poklady a dokonce našel jeden starověký chrám, kde mohl získat sto cenných věcí. Ale ve výsledku nemůže nejen nic získat, ale také přijít o život. Jakmile strčil hlavu do spánku, vyskočil mu vstříc obrovský černý panter s úmyslem vetřelce sežrat. Je čas, aby ninja vzlétl a je čas, abyste zasáhli a pomohli mu překonat překážky, aby se v Nano Ninjas neproměnil ve večeři pro bestii.