Běhání po herních tratích už dávno není tradiční, někdy se běhá v podpatcích, někdy s tyčí, jindy se schody a hra Balance Run 3D šla ještě dál. Náš hrdina se bude pohybovat po desce, která je umístěna na dvou sloupcích bloků. Abyste překonali všechny překážky, musíte po cestě sbírat žluté bloky, ale je třeba dodržovat rovnováhu. Pokud je levý nebo pravý sloupek mnohem níže, deska se příliš nakloní a hrdina jednoduše sklouzne a hra Balance Run 3D skončí. Úrovně jsou postupně těžší, ale jistě.