I přes to, že ryby neustále plavou ve vodě, potřebují kyslík a ten využívají ve formě rozpuštěného ve vodě. Jsou ale situace, kdy potřebný objem nestačí a pak se ryba vynoří k hladině a nadechne se vzduchu. Ve hře Bubble Fish se nešťastné ryby ocitly v kritické situaci nedostatku kyslíku a když uviděly bubliny naplněné vzduchem, vrhly se přímo k nim a proměnily se v zajatce. Vaším úkolem je osvobodit ryby v Bubble Fish a k tomu použijete magický trojzubec Neptun. Vyberte si rybu a přeuspořádejte ji na místo, kde jsou poblíž tři nebo více ryb stejné barvy, aby bubliny praskly.