Mezi vaší zemí a sousedním státem vypukla válka. Ve hře Atari Missile Command budete velit obraně vojenské základny, kde sloužíte. Před vámi na obrazovce uvidíte budovy vaší základny a raketové zbraně instalované všude. Nepřítel vystřelil na vaši základnu hromadu raket, které se objeví na obloze. Budete je muset všechny sestřelit a zabránit jim v pádu na území základny. K tomu pomocí myši nastavíte zaměřovač pro vaše instalace pomocí modrých křížků. Až budete připraveni, zahájte palbu. Pokud je váš zrak přesný, sestřelíte nepřátelské rakety a získáte za to body. Po nashromáždění určitého počtu z nich upgradujete své instalace a munici pro ně.
