Ve vzdáleném nádherném světě žijí tvorové, jako je Pokémon. Jsou rozděleni do skupin, které uctívají přírodní duchy. Jednou uctívači duchů ohně a vody provedli rituál a svolali tyto božské entity do tohoto světa. Ukázalo se však, že jsou to velmi zlí duchové a vymkli se kontrole. Nyní je celá planeta v chaosu a neustále dochází k přírodním katastrofám. Vy ve hře Pokemon Emerald Version budete muset s nimi bojovat. Před vámi na obrazovce uvidíte určitou oblast, ve které budou vaše postavy umístěny. Zaútočí například na ducha Ohně. Jejich akce budete řídit pomocí vyhrazeného ovládacího panelu. S jeho pomocí donutíte svého Pokémona použít různá magická kouzla, kterými ublíží svému protivníkovi.
