Ve druhé části hry Virus Ninja 2 pomůžete statečnému ninja bojovníkovi bojovat s různými viry. Před vámi na obrazovce bude hřiště, na kterém se objeví různé bakterie. Budou se pohybovat různými směry a různými rychlostmi. Chcete-li je zničit, musíte použít meč. Pečlivě se podívejte na obrazovku a pomocí myši najeďte na objekty. Takto udeříte na bakterie a rozsekáte je na kousky. Mezi těmito objekty se někdy mohou objevit bomby. Neměli byste je houpat.