Každý má svůj vlastní sen a hrdina hry My Rusty Submarine se dlouho chtěl vydat na výlet do své vlastní ponorky. Nedávno se mu při této příležitosti podařilo získat starou vyřazenou ponorku z druhé světové války. Pozval s ním přítele, kterého si také přejeme, a vydal se na cestu. Loď je však velmi stará, její život už dlouho skončil a všechny její mechanismy se postupně odkládají jeden po druhém. Úkolem vás a vašeho přítele je rychle reagovat na další selhání a napravit ho. Teprve poté se loď pohne a doručí na nejodlehlejší a nejzkoumanější místa.