Starověké Japonsko, tam byly zvláštní chrámy, ve kterých připravovaly takové války jako ninja. Vy ve hře Ninja Runs 3d jděte k jednomu z nich a pomozte jednomu ninja projít různými druhy školení. Dnes bude váš hrdina muset běžet po speciálně konstruované překážkové dráze společně s dalšími ninjami a nejprve dojet na cílovou čáru. Budete řídit jeho činy. Musíte přeskočit mnoho překážek, vylézt na různé překážky a provést mnoho dalších akcí, které pomohou vaší ninja vyhrát soutěž.
