Jakmile se pekelné brány již podařilo zablokovat, ale zlí duchové nenechali naději, že se znovu uvolní a uspěli po mnoha letech. Tentokrát otevřeli portál na Marsu v naději, že lidé nemohou okamžitě najít. Ale Mars byl již kolonizován, řada biologických laboratoří se na něm usadila a množství vědců pracovalo, všichni byli podrobeni krutému útoku příšer. Váš zametací tým musí zničit monstra v Doom 3 a nemusíte mít zkušenosti. Jděte na červenou planetu a buďte opatrní, monstra se stala chytřejší a silnější.